Rafaelson trưởng thành từ lò đào tạo của Vitória, anh đã bị buộc tội vì gian lận tuổi vào tháng 4 năm 2015,[2] tuy nhiên câu lạc bộ đã bãi nại cho anh thành công.[3] Anh đã được đôn lên đội 1 vào tháng 9 bởi huấn luyện viên Vágner Mancini.[4]

Rafaelson có màn ra mắt thi đấu chuyên nghiệp vào ngày 5 tháng 9 năm 2015, thay thế cho Robert ở hiệp hai trong trận thua trên sân nhà với tỷ số 1–2 trước Botafogo tại giải Série B. Bàn thắng đầu tiên anh ghi được vào ngày 31 tháng 10, đó là bàn thắng cuối cùng trên sân nhà khi đội nhà để thua 2–3 trước Náutico. Anh góp mặt 7 lần ra sân cho câu lạc bộ ở Série B mùa 2015, giúp câu lạc bộ thăng hạng lên Série A vào mùa giải năm sau.

Vào ngày 30 tháng 6 năm 2016, Rafaelson đã có trận ra mắt hàng đầu, thay thế Tiago Real trong trận thắng 3–2 trên sân nhà trước Sport.

Vào ngày 13 tháng 4 năm 2019, Rafaelson chuyển đến Đan Mạch và gia nhập Næstved BK.[5] Næstved tuyên bố vào ngày 12 tháng 1 năm 2020, rằng họ đã bán Rafaelson cho Dược Nam Hà Nam Định tại V.League 1.[6]

Kết thúc mùa giải ấn tượng cho Nam Định, Rafaelson chuyển tới thi đấu cho SHB Đà Nẵng.